基本資料
山東闕里孔興誘（字起正，號秀子）輯。孔興誘，孔子六十六世孫。卷首收衍聖公孔興燮〈敘〉。根據孔興誘所述，編輯工作始自明崇禎九（丙子 1636）年，至清康熙六（丁未 1667 年）年完成。1 首卷末葉。見：美國國會圖書館藏本數位檔，頁 41 。此頁未見於《琴曲集成》本。後續又一再改訂，最終的修改增補為康熙十五（丙辰 1676）年。總共的編輯時間達四十年。
全書之卷首未列序號，收多篇序文、輯訂者名錄、歷代聖賢名錄、凡例、總目次。其後有二十卷。卷一至八為琴論、卷九至二十為曲譜。各版本總計收九十曲。
本譜編輯體例，採用明代規格。內容收錄大量琴論。曲譜部分，以早期琴調做為主要排序，並且附調意（部分調缺）。各曲前後，都有解題與說明。整體而言，這些做法乃是清代琴譜之僅見。
原名可能稱做《琴苑大雅全編》。《琴曲集成》本卷九末葉、卷十六首與末葉，將「大雅」畫去改為「心傳」。2 參見《琴曲集成》冊十一，頁 334 等。
版本
由於歷經多次改訂，因此留下諸多版本。以下是各本的整理。
《琴苑心傳全編》所見版本
| 版本 | 收藏 | 簡稱 | 存卷 | 年份 |
|---|
| 重慶市圖書館藏本 | 重慶市圖書館 | 渝圖本 | 二至二十 | 1676 |
| 金陵芸香閣梓行本 | 無錫趙鴻雪 | 趙本 | 首、一、四至十三、十六至十八 | 在渝圖本及吳本之前 |
| 金陵芸香閣梓行本 | 美國國會圖書館 | 芸香閣本 | 首、一至十二、十六、十七 | |
| 戊申至己酉改訂本 | 紹興吳振平 | 吳本 | 一至八 | 1669 以後 |
| 上海周子沐藏本 | 上海周子沐 | 周本 | 九、十、十三至十五 | |
| 中國藝術研究院音樂研究所藏本 | 中國藝術研究院音樂研究所 | 音研本 | 十一至十七 | |
渝圖本的內容最為完整，可能是最晚的版本。此本的〈溪山秋月〉、〈飛鴻吟〉提到丙辰年訪侯叔岱而得譜，故當晚於 1676 年。數曲註記「癸丑」，指康熙十二年（1673）。渝圖本的目次，卷九以後的曲譜，只錄調名，沒有完整的曲目。
趙本與美國國會圖書館都是芸香閣梓行本，不知道是不是同一個版本。收有「癸丑續刻」的幾個曲譜，所以這個版本是後刻本。
比較渝圖本及芸香閣本：
- 芸香閣本收有兩譜〈高山〉，其一是癸丑續刻。渝圖本只留一譜，只記「癸丑」。
- 渝圖本收有丙辰年所得〈溪山秋月〉並換掉原譜。
- 芸香閣本收〈雲竹榻〉，全同於渝圖本的〈古交行〉。後者的版心處，仍留有「雲竹」二字，可見是改版時只抽換第一葉。
- 因此可確認，渝圖本應晚於芸香閣本。
- 但芸香閣有不少曲子未見於渝圖本。如〈坐忘〉、〈慨古〉、〈隱德〉等。渝圖本也有芸香閣本未收的曲子，如〈風雷引〉、〈古交行〉。
吳本總目次後的識文，比芸香閣本多了「改訂自戊申至己酉」3 《琴曲集成》冊十一，頁 471。吳本的目次只有卷一至八，沒有錄曲譜。似乎指該本沒有收錄曲譜？
周本早於渝圖本，乃由〈禹會塗山〉推得。周本無後記。渝圖本則記錄了譜本來源以及從侯叔岱處得譜之緣由。渝圖本有幾曲替換為叔岱所提供的譜本。周本的〈流水〉、〈桃園春曉〉同於芸香閣本。因此周本可能是芸香閣本。若是如此，就可以周本補芸香閣本的卷十三至十五。
音研本的時間推定，可依靠〈古交行〉。其後記比渝圖本或是芸香閣本〈雲竹榻〉簡短許多。芸香閣本又記為「東崗刻古交行」。〈禹會塗山〉也是類似的情形。因此音研本當早於渝圖本及芸香閣本。
以目前的資料總結，音研本最早，趙本、周本可能都是芸香閣本，渝圖本最晚。吳本至少晚於芸香閣本，有可能是抽去曲譜的分支版本。
今人收錄情況
《琴曲集成》影印所用的主要源本是渝圖本，不足部分以他本補充。另外其他版本補錄的曲譜，或是同曲異譜，《琴曲集成》也一併收錄比較。
《中國古琴譜集》則是以美國國會圖書館的金陵芸香閣梓行本為主體，再以《琴曲集成》的內容加以補充。
《中國古琴文獻集成》的收錄狀況待查。
琴論
根據美國國會圖書館藏金陵芸香閣梓行本之卷首目次。
卷之一
- 琴議
- 五音論
- 感攝論
- 琴說
- 琴聲畧
- 三聲論
- 七絃論
- 律呂論
- 原音論
- 十二律呂論
- 律呂配掛相生論
- 五聲五音論
- 五音君臣論
- 黃鍾之數
- 五聲十二律還相為宮
- 十二律還相為宮論
- 三分損益說
- 律呂隔八相生圖
- 變聲
- 五聲之變
- 中聲半聲
- 五聲八音八風之圖
卷之二
- 黃鍾萬事根本論
- 考求聲氣之原
- 黃鍾論
- 黃鍾辨
- 樂記
- 家語
- 諸子說
卷之三
- 制器論
- 琴腹圖
- 琴背圖
- 琴面圖
- 琴體論
- 琴制式
- 造琴灰漆法五條
- 綴徽法
- 定徽訣
- 定徽法
- 定徽論
- 辨絲
- 琴絃製法■條
- 桐材論
- 材得地論
- 陽桐論
- 收桐論
- 選古材論
- 斵琴論
卷之四
卷之五
- 璠璵之樂
- 鳳凰琴
- 落霞琴
- 清英琴
- 正合怡神
- 一絃琴
- 離
- 鳴廉脩況
- 百衲琴
- 霹靂琴
- 雷氏琴
- 樊路琴
- 蛇腹紋琴
- 素琴說
- 土琴
- 論徽
- 論絃
- 絲附木論
- 琴本制
- 琴不妄傳
- 彈琴啓蒙
- 指法歌
卷之六
- 撫琴式
- 五音審辨
- 彈琴之要
- 九德
- 四虛
- 琴經須知
- 彈琴總說
- 彈琴論畧
- 手訣
- 名數發端
- 上絃法
- 軫絃
- 指象
- 對琴式
- 彈琴指要
- 用指甲法
- 琴案
- 琴壇
- 琴絃蠅頭
- 辨斷紋
- 彈琴雜說
- 五音正調絃
- 外調轉絃訣
- 轉絃宗派圖
- 外調轉絃歌
卷之七
- 左手指法
- 右手指法
- 上絃手法
- 調絃手勢
- 左手用指
- 撫絃論
卷之八
收曲
- 本譜版本繁多。各版之間，有刪有增。綜合所見，共得九十曲。〈古交行〉與〈雲竹榻〉同曲異名，仍計為二曲。卷十五羽調曲〈秋江晚釣〉佚，存八十九曲。部分曲目有不同版本，共一○八譜。
- 渝圖本推測應為最晚的版本。下表依《琴曲集成》的收錄排序，所以同一首琴曲的不同譜本，排在後者其實是出現在早先的版本中。
- 「版本」欄主要指《琴曲集成》冊十一所收錄者。未註明者，表示為渝圖本。
- 「頁」欄指《琴曲集成》之起始頁碼。加「芸」者表示美國國會圖書館本 PDF 檔頁碼。
卷之九
| 曲名 | 段數 | 說明 | 版本 | 《琴曲集成》頁 | 芸香閣本頁 |
|---|
| 神品宮意 | 無 | | | 319 | 195 |
| 古風操 | 七 | | | 319 | 196 |
| 陽春 | 十一 | | | 321 | 199 |
| 高山 | 四 | | 渝圖本無 | | 203 |
| 高山 二 | 十一 | 癸丑（芸香閣本做癸丑續刻） | | 323 | 206 |
| 流水 | 八 | | | 325 | |
| 流水 | 八 | | 周本（芸香閣本同） | 482 | 210 |
| 圯橋授書 | 八 | | | 327 | 213 |
| 坐忘 | 八 | | 趙本（即芸香閣本） | 483 | 217 |
| 桃園春曉 | 九 | | | 329 | |
| 桃園春曉 | 九 | | 周本 | 485 | 220 |
| 梅花三弄 | 十 | 段落小標 | | 331 | 223 |
| 招隱 | 四 | | | 333 | 227 |
卷之十
| 神品商意 | 無 | | | 334 | 230 |
| 神品古商音 | 無 | | | 334 | 231 |
| 懷古引 | 三 | | | 335 | 231 |
| 岐山操 | 無 | | | 336 | 233 |
| 白雪 | 九 | | | 336 | 234 |
| 慨古 | 三 | | 趙本（即芸香閣本） | 486 | 237 |
| 思賢操 | 五 | | 芸香閣本 | | 239 |
| 思賢操 | 五 | 帶辭。渝圖本與芸香閣本解題略異 | | 338 | 242 |
| 猗蘭操 | 十 | | | 340 | 247 |
| 杏壇吟 | 無 | | | 342 | 251 |
| 隱德 | 三 | | 趙本（即芸香閣本） | 487 | 252 |
| 廣寒秋 | 三 | | 趙本（即芸香閣本） | 488 | 254 |
| 神遊六合 | 十 | | 芸香閣本缺頁 | 343 | 256 |
| 思歸引 | 無 | | | 345 | 259 |
卷之十一
卷之十二
| 神品角意 | 無 | | | 363 | 300 |
| 凌虛吟 | 三 | | | 363 | 301 |
| 凌虛吟 | 三 | | 音研本 | 515 | |
| 溪山秋月 | 二十二 | 目次做箕山秋月。松絃館譜。叔岱譜 | 丙辰夏又得叔岱譜 | 364 | |
| 溪山秋月 | 二十四 | 目次做箕山秋月 | 趙本（即芸香閣本） | 492 | 303 |
| 御風行 | 十 | | | 369 | 312 |
| 松下觀濤 | 九 | 癸丑 | | 372 | 316 |
| 來鳳引 | 五 | 據梧堂藏本 | 芸香閣本無 | 374 | |
卷之十三
| 神品徵意 | 無 | | | 376 | |
| 徵意 | 無 | | | 376 | |
| 關雎 | 十 | | | 376 | |
| 耕歌 | 二十二 | | | 379 | |
| 耕歌 | 二十二 | | 音研本 | 516 | |
| 文王操 | 五 | 即思舜操 | 周本。渝圖本缺 | 497 | |
| 山居吟 | 三 | | | 382 | |
| 山居吟 | 四 | | 音研本 | 520 | |
| 思親操 | 無 | | | 383 | |
卷之十四
卷之十五
卷之十六
| 神品無射意 | 無 | | | 410 | 322 |
| 大雅 | 九 | 段落小標 | | 410 | |
| 大雅 | 九 | 段落小標 | 音研本 | 526 | |
| 大雅 | 九 | 段落小標略異 | 芸香閣本 | | 323 |
| 頤真 | 五 | | | 412 | 327 |
| 秋月照茅亭 | 五 | | | 413 | 329 |
| 山中思友 | 三 | | | 414 | 331 |
| 神品淒涼意 | 無 | | | 416 | 335 |
| 神品楚商意 | 無 | | | 416 | 335 |
| 華胥引 | 三 | | | 416 | 336 |
| 澤畔吟 | 四 | | | 417 | 337 |
| 離騷 | 十八 | | | 418 | 339 |
卷之十七
| 神品商角意 | 無 | | | 424 | 351 |
| 神化引 | 九 | 原譜七段。據梧堂藏稿 | | 424 | |
| 神化引 | 十四 | | 芸香閣本 | | 351 |
| 古神化 | 三十八 | 別家為羽化登仙。癸卯秋訂譜 | | 427 | 357 |
| 夢蝶吟 | 八 | | 芸香閣本。渝圖本、趙本缺 | | 368 |
卷之十八
卷之十九
卷之二十
| 神品姑洗意 | 無 | | | 452 | |
| 飛鳴吟 | 六 | 丙辰訪侯（叔岱）得譜 | | 452 | |
| 秋鴻 | 三十六 | 段落小標 | | 454 | |
琴譜